区卫生和计划生育局设7个内设机构：
　　（一）办公室(挂应急办牌子)
　　协助局领导对有关工作进行综合协调和督促检查；负责局机关政务运行和各项管理制度的起草并组织实施；负责以部门名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责秘书事务、文书档案、目标考核、政务公开、市长热线、督办、公共关系、提案和议案办复、信访、保密、安全保卫、综合治理工作；负责办公自动化工作；负责局机关公共事务和行政后勤管理工作；负责卫生计生统计和信息工作。负责卫生和计划生育应急处置工作。制定卫生应急和紧急医学救援预案、突发公共卫生事件监测计划，组织和指导突发公共卫生事件预防控制与医疗应急处置，发布突发卫生事件应急处置信息。
　　（二）疾病预防控制科（挂爱国卫生运动委员会办公室牌子）
　　负责拟订全区重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；完善重大疾病防控体系，预防和控制疾病的发生和疫情的蔓延；依法监督管理传染病、地方病的防治工作；承担区防治艾滋病委员会办公室、区卫生防病领导小组办公室日常工作。
　　参与拟订有关爱国卫生政策、法规，组织制定爱国卫生标准；协调有关部门、单位开展经常性的爱国卫生运动；依法组织实施病媒生物防制监督检查指导；制定并实施农村改水、改厕规划；协调有关部门开展重大灾情、疫情的卫生环境综合治理工作；统筹协调健康教育工作。
　　（三）医政医管与基层卫生科（挂医药体制改革办公室牌子）
　　拟订医疗机构设置规划，并组织指导实施；拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等政策、规范并组织实施监管；拟订医务人员执业和服务政策、规范并组织实施监管；拟订医院药事管理、医疗机构重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理、医疗康复等方面的政策、规范并组织实施监管；参与药品、医疗器械临床试验管理；组织协调重大突发事件的紧急医疗救援工作；承担医疗机构医疗服务的监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务等方面的监督和评价工作；负责医疗事故的行政处理与监督；建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，承担推进公立医院管理体制改革工作；负责重要会议、重大活动的医疗保障和卫生防病工作；组织实施药品法典和国家基本药物目录；贯彻实施基本药物配送、使用的政策措施；承担基本药物使用的监督管理和基本药物制度推广、宣传教育工作；负责医疗机构药品安全管理，开展药品安全监测工作。制定中医药事业发展规划并组织实施；监督管理各类中医、中西医结合及民族医疗机构的医疗、护理质量，对其它医疗机构中的中医工作进行业务指导；组织实施中医医疗、预防、保健、康复、护理等管理规范和技术标准；负责制定中医科技进步、人才培养规划并组织实施；负责中医医疗机构服务监管和药物政策与基本药物制度的贯彻执行。拟订医学科技、医学教育发展规划；组织协调医学重点科技攻关、科技成果项目的管理;组织开展医药卫生新技术引进和应用、科技交流与合作工作；指导医疗卫生单位科技成果的引进、推广与转化；拟订医学继续教育规划，开展医学继续教育工作；指导重点专科建设及学科带头人培养工作；组织指导各类卫生专业技术人员岗位培训。拟订基层卫生事业发展和基本卫生保健规划、政策、规范、标准并组织实施；制定新型农村合作医疗制度政策措施，并组织实施和综合管理；组织实施基层卫生服务体系建设和村卫生室建设，并监督管理；组织加强基层卫生队伍建设和开展卫生支农等工作，并监督管理；依法组织开展乡村医生执业注册与相关管理工作。承担医药卫生体制改革领导小组办公室日常工作。
　　（四）执法监督与法规宣传科
　　负责放射卫生、学校卫生、公共场所卫生和生活饮用水及涉及饮用水卫生安全产品等卫生监督管理工作；负责卫生计生监督队伍综合协调工作，组织开展卫生计生监督人员培训；综合协调、整顿和规范医疗服务市场，组织查处无证行医的违法行为，督办查处重大医疗卫生违法案件。负责牵头组织行政许可及行政审批事项的勘查、审核、上报等（含年审、年检、收费）相关工作；负责行政审批决定送达和行政许可证件的发放管理工作；负责制定和完善本部门行政许可和行政审批项目的工作程序、制度以及行政审批专用章的使用和管理工作。负责有关政策、法规的综合调研和局内调查研究的综合工作;负责规范性文件审核工作；承担本部门行政复议、行政应诉有关工作；负责本部门、本系统行政执法层级监督的具体工作。负责组织查处食品安全重大事故；组织实施食品安全地方标准、规范；承办食品及相关产品的安全风险评估、预警工作。负责人口和计划生育法律、法规、规章监督检查和宣传工作。负责农村部分计划生育家庭奖励扶助政策、计划生育家庭特别扶助政策、独生子女父母奖励政策的实施工作。负责《黑龙江省计划生育证》的审批、发放和管理工作。负责处理违法生育举报案件，负责受理卫生计生相关法律法规咨询及“阳光计生”热线电话服务。负责有关卫生和计划生育的行政诉讼工作，拟定、起草、修改行政诉讼应诉、赔偿等材料。负责落实有关卫生和计划生育执法责任制。负责社会抚养费征收工作，对违法生育行为进行立案、调查、处理，负责出生人口性别比综合治理工作。监督指导被委托单位的社会抚养费征收，规范法律文书，管理社会抚养费征收档案。
　　（五）人事教育科
　　负责局机关和所属单位的人事、工资、机构编制、考核奖惩、专业技术职务评聘等管理工作。组织和指导各类卫生和计划生育技术人员的岗位培训。
　　（六）计划财务审计科
　　负责拟订卫生计生事业发展总体规划、区域卫生计生规划和专项建设规划并组织实施；统筹配置卫生计生资源及大型医用装备；协调指导卫生计生基本建设；组织实施并监管落实卫生计生经济各项政策；负责局机关和所属单位财务、经费预决算、国有资产管理；协同有关部门管理和监督医疗卫生收费；负责计划生育专项资金使用情况的监督管理；负责卫生财务人员的培训和管理工作。负责系统内单位审计工作。
　　（七）计划生育管理和妇幼健康服务科
　　负责拟订计划生育目标管理责任制，组织实施计划生育绩效考核评估管理工作，协调落实计划生育“一票否决”制。负责计划生育综合治理工作。起草综合治理责任状，负责区统筹解决人口问题领导小组办公室的日常工作。指导基层协调有关部门对计划生育困难户进行帮扶。负责全区计划生育政务公开和村务公开工作。负责全区人口和计划生育信息管理系统的日常管理工作。负责制定本地区流动人口计划生育工作规划和相关制度。负责制定流动人口工作计划，并纳入本地区人口和计划生育目标管理责任制，组织实施双向考核评估。负责做好本地流动人口计生服务。负责流动人口计划生育信息管理。开展区域间流动人口计划生育服务管理协作，协调解决流动人口工作。拟定妇幼卫生发展规划并组织实施，依法对从事母婴保健工作的机构、人员、技术及执业行为进行监督管理；指导开展新生儿先天残疾等出生缺陷的预防和托幼机构的保健工作，实施国家免费孕前优生健康检查项目。落实计划生育免费技术服务，推进避孕方法知情选择，强化计划生育服务质量监管，做好避孕药具发放及不良反应监测工作。
　　党群工作部（纪检监察室）按相关规定设置。